Quand les reliques d'une civilisation alien sont retrouvées, les agents Spriggan doivent s'assurer que leur dangereux pouvoir ne tombe pas entre de mauvaises mains.
Le monde est ravagé par une terrible maladie à laquelle seuls les enfants de moins de 13 ans ont survécu. Yûichirô Hyakuya et Mikael Hyakuya, deux orphelins, servent de « garde-manger » aux vampires qui ont envahi la Terre. Après une tentative d'évasion qui se solde par un massacre de ses amis, Yûichirô réussit à s'échapper.